上海市胸科醫(yī)院創(chuàng)建于1957年，為我國最早建立的集醫(yī)療、教學(xué)、科研為一體的，以診治心、肺、食管、氣管、縱隔疾病為主的三級甲等專科醫(yī)院。1957年起被衛(wèi)生部指定為全國心胸外科進(jìn)修基地，1988年起成為原上海第二醫(yī)科大學(xué)教學(xué)醫(yī)院，1994年被評為三級甲等醫(yī)院，2004年成為上海市紅十字胸科醫(yī)院，2005年成為上海交通大學(xué)附屬胸科醫(yī)院。醫(yī)院先后獲得“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體”、“全國無煙單位”、“上海市職業(yè)道德建設(shè)十佳單位”、“市文明單位”七連冠等殊榮。
　　醫(yī)院位于上海市徐匯區(qū)淮海西路241號，占地面積2.6萬平方米。醫(yī)院設(shè)有12個臨床科室和10個醫(yī)技科室。核定床位580張，開放床位767張，有病區(qū)17個（包括1個干部病區(qū)和2個特需病區(qū)），另設(shè)ICU,CCU。附設(shè)上海市胸部腫瘤研究所、心血管研究室和國家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)。現(xiàn)有職工1000余名，其中正副主任醫(yī)師100余名、博士生導(dǎo)師、碩士生導(dǎo)師30名、享受國務(wù)院特殊津貼30名。
　　醫(yī)院面向全國，每年收治的門急診和住院病人逾30萬人次，建院以來已施行各類胸部手術(shù)近10萬例，心臟介入逾2萬例，成功地醫(yī)治和搶救了數(shù)以萬計的疑難重危病人。目前醫(yī)院開展的單肺、雙肺、肺葉移植術(shù)，冠心搭橋術(shù)，心臟單、雙瓣膜置換術(shù)及瓣膜成形術(shù)，各種心臟復(fù)雜畸形的診治，各類肺、食管、氣管、縱隔手術(shù)，心胸外科微創(chuàng)手術(shù)、包括達(dá)芬奇機(jī)器人手術(shù)系統(tǒng)輔助下的心胸手術(shù)，各類心臟疾病的介入診治，惡性心律失常和急性心肌梗塞的救治，氣管鏡的診療技術(shù)以及病理細(xì)胞、組織學(xué)檢測等均居國內(nèi)先進(jìn)水平；射頻消融治療房顫的手術(shù)數(shù)量和質(zhì)量為亞太地區(qū)之首；肺癌的早期診斷和多學(xué)科治療等居國際先進(jìn)水平；還曾成功施行同種異體原位心臟移植術(shù)。
　　目前醫(yī)院正承擔(dān)著國家重點(diǎn)學(xué)科“心血管病學(xué)”、國家臨床重點(diǎn)專科“心血管內(nèi)科”、“胸外科”和“心臟大血管外科”、國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點(diǎn)專科——中西醫(yī)結(jié)合腫瘤專業(yè)、上海市肺部腫瘤學(xué)臨床醫(yī)學(xué)中心及上海市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科“胸外科”、上海交通大學(xué)重點(diǎn)學(xué)科“呼吸內(nèi)科”以及上海交通大學(xué)房顫診治中心、上海交通大學(xué)食管疾病診治中心的建設(shè)；并承擔(dān)著國家“十一五”、“863”攻關(guān)課題、上海市“登山計劃”等多項(xiàng)國家、部、市、局級重大課題的研究。并承擔(dān)衛(wèi)生部冠脈介入、心律失常、結(jié)構(gòu)性心臟病介入診療培訓(xùn)基地、衛(wèi)生部呼吸內(nèi)鏡培訓(xùn)基地、衛(wèi)生部專科醫(yī)生培訓(xùn)基地（心內(nèi)科、肺內(nèi)科、心外科、胸外科）、交大醫(yī)學(xué)院臨床住院醫(yī)生規(guī)范化培訓(xùn)基地以及預(yù)防心臟性猝死上海培訓(xùn)基地、上海市重癥監(jiān)護(hù)護(hù)士實(shí)訓(xùn)基地、中華醫(yī)學(xué)會麻醉學(xué)分會靶控輸注技術(shù)培訓(xùn)中心等工作。已舉辦全國心胸外科進(jìn)修班40余期，還每年承擔(dān)“肺癌多學(xué)科診斷治療”、“胸心外科學(xué)進(jìn)展”等多項(xiàng)國家級繼續(xù)教育項(xiàng)目的培訓(xùn)任務(wù)以及各高等院校的教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站招生點(diǎn)。