南京醫科大學眼科醫院系南京醫科大學附屬眼科醫院，江蘇省紅十字眼科醫院，隸屬于南京醫科大學第四臨床醫學院，是在原中日友好南京眼科醫院的基礎上創建的融醫療、教學、科研于一體、與國際接軌的目前江蘇省唯一一家三級眼科專科非營利性醫院，是江蘇省公費醫療、新農合、南京市公費醫療及江蘇省、南京市城鎮職工和居民醫保定點眼科專科醫院，是江蘇醫保和新農合省級轉診定點醫院。為江蘇省驗光配鏡從業人員實訓考核基地，江蘇省中小學生眼保健教育示范基地，南京醫科大學碩士生培養基地，南京醫科大學博士生培養點，中國中西醫結合學會眼科專業委員會眼視光協作組組長單位，擁有中央與地方共建高校特色優勢學科實驗室——南京醫科大學醫學視光學教學實驗室、南京醫科大學眼視光學和視覺科學重點實驗室，南京市眼科醫學重點專科，南京醫科大學眼科學（眼視光學）校級重點學科。2012年8月27日，醫院被評為國家臨床重點專科建設項目單位。
　　1994年在江蘇省衛生廳、南京醫科大學及其一附院的關心下，在日本名古屋NAGALION俱樂部、國際著名眼科專家安藤文隆博士、邱信男院長、杉田院長等國際友人的共同支持下，誕生了江蘇省第一個國際合作性眼科專科醫院——中日友好南京眼科醫院（江蘇省人民醫院眼科分院）。醫院在江蘇省率先開展了視網膜玻璃體手術、白內障超聲乳化人工晶體植入術、飛秒激光近視矯正、深板層角膜移植術、眼前段再造術、難治性眼外傷手術（包括眼內非磁性異物取出術及聯合角膜移植人工晶體植入視網膜玻璃體手術）、非穿透濾過手術等一系列與國際水平同步的現代顯微眼科手術，至今仍然代表著眼科臨床最復雜的手術技能，為江蘇省眼科手術水平的整體提高，作出了巨大貢獻。經過多年臨床實踐的積淀，形成了醫院的顯著特色，即高水平的眼科顯微手術技術和高技能診治疑難雜癥。
　　2004年10月，南京醫科大學眼科醫院創建。醫院一期建筑面積3360m2，床位數80張，是目前南京市所有醫院中眼科床位數最多的眼科醫院。職工133人。醫院依托南京醫科大學的雄厚資源，堅持“人才興院”、“科技興院”的方針，積極引進高端人才，組建高層次的醫療隊伍。目前，醫院擁有副教授（副主任醫師）以上20人，其中教授（主任醫師）9人，副教授（副主任醫師）11人，博士5人，博士生導師1人，碩士生導師3人，具有全省所有醫院中眼科整體實力最強的人才優勢。人才優勢使醫院具有及時掌握和運用國際最新眼科技術的實力，已獲得中華醫學科技獎三等獎、江蘇省醫學科技進步一等獎一項、江蘇省科技進步三等獎三項、衛生廳科技進步獎、新技術引進獎一等獎各一項，承擔國家自然科學基金二項，國家“973”前期專項課題一項，完成江蘇省自然科學基金(基礎研究計劃)項目兩項，江蘇省高校自然科學基礎研究項目兩項，南京市科技計劃項目一項，南京醫科大學校內基金七項，江蘇省博士后基金兩項。醫院不斷加強師資隊伍建設，承擔了南京醫科大學兒科、心理以及醫學影像專業《眼科學》理論和見習教學任務，2006級眼耳鼻喉專業《眼科學》與《臨床視光學》理論和見習、實習教學任務，南京中醫藥大學《視覺神經生理學》理論和見習教學任務以及金陵視光學院眼視光專業學生實習任務。眼視光專業獲得衛生部、教育部批準，已于2009年招生，目前在校76名學生。在積極開展醫療、教學的基礎上，醫院把開展科研任務放在醫院發展的重要地位。自成立以來，醫院已有33篇學術論文被SCI收錄。
　　醫院眼科系南京市醫學重點專科，設有白內障科、青光眼科、屈光、角膜病科、葡萄膜眼底病科、眼外傷科、、眼表科、淚道疾病科、眼肌斜弱視科、中西醫結合眼科、眼腫瘤整形科等16個專科，開設了專家專病門診，由著名專家擔任學科專科帶頭人。
　　醫院在江蘇省內率先制訂了各類疾病的規范診療流程，如斜視弱視診療流程、青光眼診療流程、眼底病診療流程、白內障診療流、醫學驗光診療流程等，做到充分利用循證醫學，使診療行為規范化，從而對一些容易忽視、誤診的眼科疾病做到早期發現、診斷和治療。
　　醫院擁有江蘇省內最先進的全套眼科診療設備，包括準分子激光近視治療儀、YAG激光機、532眼底激光機、超聲乳化儀（冷超乳）、玻璃體切割機、ZEISS手術顯微鏡等全套進口治療設備以及OCT（光學相干斷層掃描）、全套視覺電生理檢查儀、視野檢查儀、眼底照相及眼底熒光血管造影和脈絡膜血管造影儀、附20Hz的最新眼科專科A/B超、角膜地形圖、IOL-master、全景200廣角激光眼底照相機、博士倫MILLENNIUMTM玻切/超聲乳化儀、SOVEREIGNCOMPACT超聲乳化儀、Zeiss手術顯微鏡、角膜共焦顯微鏡、角膜內皮檢查儀、視網膜厚度分析儀等一系列進口檢查設備，具有省內設備最先進、最新最全的優勢。
　　醫院與美國哈佛大學、布朗大學、普魯維頓斯大學、日本名古屋大學、杉田眼科病院等有著廣泛的國際間學術交流。從2004年10月建立以來，已為江蘇省及外省市30多萬名眼科疑難病人以及外賓服務，贏得了良好的社會聲譽。2006年底和2007年初，國家發改委綜合改革司副司長連啟華、國家醫師協會會長殷大奎分別率員對醫院進行考察，對醫院規范管理、高水平治療、親情式服務給予高度評價。醫院被南京市醫保評為“AAA級誠信單位”，被南京市衛生局授予“全市醫院管理年活動先進單位”，被江蘇省人力資源和社會保障廳授予“江蘇省省級公費醫療定點醫院先進單位”，被江蘇省物價局授予“江蘇省價格誠信單位”，被江蘇省衛生廳評為“江蘇省平安醫院”醫院，黨組織被鼓樓區委授予“先進基層黨組織”。
　　為了回報各級政府和社會對醫院的厚愛，醫院參與了大量的公益活動。組織專家到南京社區舉辦預防眼病講座，定期組織專家義診，組織醫療隊到鄉鎮免費為眼病患者診療等。2006年，在省殘聯、省紅十字會、省衛生廳組織的“江蘇博愛光明行動”中，醫院承擔了主要的醫療活動，免費為南京地區300多名生活困難的白內障患者進行了復明手術。2008年四川汶川大地震第2天，醫院向災區捐款30萬元。2009年臺灣同胞遭受自然災害，醫院在第一時間捐贈20萬元現金。2010年4月青海玉樹地震，醫院捐贈10萬元現金，全體員工用自己的行動展示“人道、博愛、奉獻”的精神。此外，醫院每年免費為享受低保的白內障患者進行手術，幾年來已治愈近千名患者。