菏澤傳染病醫(yī)院(菏澤市腫瘤結(jié)核病防治院)始建于1953年，2003年7月菏澤市委、市政府為加強(qiáng)我市傳染病救治工作，有效抗擊烈性傳染病，切實(shí)保障人民的身體健康，決定在原結(jié)核病醫(yī)院的基礎(chǔ)上組建成立菏澤市傳染病醫(yī)院，編制161人，高級(jí)技術(shù)人員21人、中級(jí)技術(shù)人員72人。2004年4月，油才坤任院長(zhǎng)和黨總支書(shū)記、趙玉貞、黃明亮、張玉福任副院長(zhǎng)，不辜負(fù)市委、市政府的重托和人民的厚望，帶領(lǐng)全院職工只爭(zhēng)朝夕、開(kāi)拓進(jìn)取、艱苦創(chuàng)業(yè)，經(jīng)過(guò)四年的努力，創(chuàng)建了一流的市傳染病醫(yī)院。
硬件建設(shè)，2006年6月，國(guó)家投資1000萬(wàn)元興建的6200平方米病房大樓投入使用，設(shè)立病床200張；病床配置為單搖和雙搖可移動(dòng)式病床；其中四、五層為負(fù)壓病房。病房設(shè)有獨(dú)立衛(wèi)生間，安裝有空調(diào)、電視機(jī)、淋浴熱水器和網(wǎng)線等，配有中心供氧、負(fù)壓吸痰及呼叫系統(tǒng)；病房樓設(shè)有三部電梯，供醫(yī)務(wù)人員、病員及污物外運(yùn)分別使用。
相繼購(gòu)置了西門子雙排CT等大型設(shè)備、移動(dòng)X機(jī)、全自動(dòng)生化分析儀、血?dú)夥治鰞x、電子胃鏡、電子纖支鏡、進(jìn)口心、腹、腦彩超、12臺(tái)進(jìn)口呼吸機(jī)、35臺(tái)心電監(jiān)護(hù)儀、優(yōu)質(zhì)鈷-60放射源等一批現(xiàn)代化的醫(yī)療設(shè)備，填補(bǔ)醫(yī)院空白。
醫(yī)院業(yè)務(wù)不斷拓展，在鞏固結(jié)核病治療優(yōu)勢(shì)專業(yè)的基礎(chǔ)上，2006年，成立肝病治療中心，還設(shè)有結(jié)核科、神經(jīng)內(nèi)科、外科、急診科、腫瘤科、性艾科等25臨床和醫(yī)技科室；性病、艾滋病、外科及綜合內(nèi)科業(yè)務(wù)開(kāi)展良好。醫(yī)務(wù)人員中有3/4先后派往北京、濟(jì)南等上級(jí)醫(yī)院輪番進(jìn)修，為醫(yī)院的發(fā)展帶來(lái)新知識(shí)、新技術(shù)、新的管理理念，為傳染病救治提供了有力的醫(yī)療技術(shù)保障，從而結(jié)束了無(wú)力派員進(jìn)修的歷史。
2004年11月27日，菏澤市防癆協(xié)會(huì)在本院成立，并與省胸科醫(yī)院建立友好協(xié)作關(guān)系，同時(shí)，省胸科醫(yī)院無(wú)償贈(zèng)送價(jià)值180萬(wàn)元的DR機(jī)。
2005年11月28日：醫(yī)院污水通公路并網(wǎng)管理工程完工，解決了該院50多年來(lái)懸而未決的難題。
2006年12月1日：醫(yī)院門診樓改造工程完工并投入使用，歷時(shí)三個(gè)月的緊張施工，投資110萬(wàn)元，增加實(shí)用面積500平方米，擴(kuò)展、優(yōu)化了門診大廳。
2006年12月，以油才坤院長(zhǎng)為核心領(lǐng)導(dǎo)集體，克服困難，拔掉醫(yī)院門口的“釘子戶”，從此，把醫(yī)院推向城市公路旁的顯要位置，投資32萬(wàn)元，新建大門，成為北城靚麗的景點(diǎn)。
2006年，與北京佑安醫(yī)院、北京航天醫(yī)院建立友好合作關(guān)系，并加入由全國(guó)54家醫(yī)療單位參加的北京佑安醫(yī)療聯(lián)盟，
2007年1月，新建檔案室，引進(jìn)全市一流的存檔設(shè)備――密集架、安裝了空調(diào)、裁紙機(jī)，配置了微機(jī)、復(fù)印機(jī)、掃描儀等。
2008年1月12日，醫(yī)院病房大樓榮獲山東省建設(shè)廳、山東省建筑工程管理局、山東省建筑業(yè)協(xié)會(huì)頒發(fā)“泰山杯獎(jiǎng)（省優(yōu)質(zhì)工程）”。
2009年3月始，我市手足口病疫情爆發(fā)，且重癥較多，病情加重進(jìn)展迅速，醫(yī)院臨危受命，成為定點(diǎn)醫(yī)院，擔(dān)當(dāng)全市重癥患兒救治任務(wù)，市委、市政府、市衛(wèi)生局集結(jié)的救治團(tuán)隊(duì)，在院領(lǐng)導(dǎo)帶領(lǐng)下，在省級(jí)醫(yī)院的專家指導(dǎo)協(xié)助下，不負(fù)黨和人民的重托，舍小家顧大家，置父母、孩子、甚至本人患病于不顧，不怕疲勞，無(wú)私奉獻(xiàn)，連續(xù)80多天日夜奮戰(zhàn)在救治一線，做到服務(wù)好、質(zhì)量好、讓病人滿意，截稿時(shí)2000名患兒治愈出院，無(wú)一例差錯(cuò)、糾紛發(fā)生。醫(yī)院以高尚的醫(yī)德醫(yī)風(fēng)、精湛的醫(yī)術(shù)、優(yōu)質(zhì)的服務(wù)、規(guī)范的管理、一流的病房大樓、優(yōu)美的住院環(huán)境，充分展示了一流傳染病醫(yī)院的風(fēng)采，樹(shù)立了衛(wèi)生系統(tǒng)的良好形象，傳遞了黨和政府對(duì)人民群眾深切的關(guān)懷和溫暖，經(jīng)受了嚴(yán)峻的疫情考驗(yàn)，圓滿完成黨和政府賦予醫(yī)院的職能，贏得各級(jí)領(lǐng)導(dǎo)、患兒家長(zhǎng)和社會(huì)各界的高度贊揚(yáng)，2009年4月19日，陳竺部長(zhǎng)來(lái)醫(yī)院視察，對(duì)副省長(zhǎng)王隨蓮、衛(wèi)生廳長(zhǎng)包文輝說(shuō)：這個(gè)醫(yī)院在省里都是很好的，在全國(guó)也是很好的，是全國(guó)的模范病房。
建院50多年，通過(guò)幾代人的不懈努力和文化積淀，打造了傳染病醫(yī)院全新的品牌，醫(yī)院文化建設(shè)、硬件建設(shè)、內(nèi)涵建設(shè)碩果累累。為菏澤經(jīng)濟(jì)社會(huì)的和諧發(fā)展做出積極貢獻(xiàn)。
幾十年來(lái)醫(yī)院先后榮獲的主要榮譽(yù)：全國(guó)結(jié)核病防治先進(jìn)單位和個(gè)人、山東省誠(chéng)信醫(yī)療衛(wèi)生單位、山東省衛(wèi)生系統(tǒng)工會(huì)工作先進(jìn)集體、全市計(jì)劃生育工作先進(jìn)單位、全市三八紅旗集體、全市衛(wèi)生工作先進(jìn)集體、全市醫(yī)保工作先進(jìn)單位、全國(guó)百姓放心傳染病專科示范醫(yī)院、全市思想政治工作先進(jìn)單位、全市職業(yè)道德先進(jìn)集體等多項(xiàng)榮譽(yù)稱號(hào)。