昌吉回族自治州中醫(yī)醫(yī)院成立于1988年4月14日，它是在自治黨委及政府的關懷和支持下，全部用地方財力建設起來的。它占地33858平方米，總建筑面積21738.9平方米，是以中醫(yī)為主，西醫(yī)、中西醫(yī)結合三支力量齊備，集醫(yī)療、教學、科研、保健為一體的“三級乙等”中醫(yī)醫(yī)院，自治區(qū)小兒麻痹矯治手術、白內障復明、低視力復明定點醫(yī)院，新疆醫(yī)科大學實習醫(yī)院。

醫(yī)院有職能科室11個，臨床科室8個，醫(yī)技科室10個，設床220張，職工320人，專業(yè)技術人員占職工總數的84%，其中主任、副主任醫(yī)師24名，主治（管）醫(yī)、藥、護、技師80名，年門診量12萬人次。

醫(yī)院現有固定資產近2000萬元，擁有日本島津5000TX全身CT機，美國產電視腹腔鏡、前列腺激光治療儀、美國惠普HX彩色多普勒超聲診斷儀、白內障超聲乳化治療儀、全自動生化分析儀、潘太克斯電子胃鏡、FX心臟檢測工作站、24小時全息動態(tài)心電圖儀、動態(tài)血壓監(jiān)測儀、血液透析機、體外震波碎石機、高壓氧艙等各類中高檔醫(yī)療設備56臺（件），為正確診斷和治療創(chuàng)造了條件。

醫(yī)院在建設和發(fā)展中以鄧小平建設有中國特色社會主義理論為指導，堅持實事求是，一切從實際出發(fā)的原則，圍繞中心、突出重點、兼顧全局，以基礎設施、基本設備、基本功能建設為主，以提高醫(yī)院技術水平為出發(fā)點，狠抓技術質量。醫(yī)院立足三優(yōu)服務，放眼三個**（信譽**、質量**、服務**），一手抓科學管理、一手抓人才設備，充分調動各方面積極因素，發(fā)揮“人才、設備、服務”功能，強化管理意識，加強醫(yī)院的軟硬件建設，建立健全全面質量管理的組織領導體系，將全面質量管理法的計劃、實施、檢查、總結用于醫(yī)療技術的管理，實現了病歷書寫規(guī)格化、辯證論治規(guī)范化、技術操作標準化和醫(yī)療指標數據化。完善和健全醫(yī)院各項規(guī)章制度、操作規(guī)程、崗位責任制達298項。近年來，隨著醫(yī)療業(yè)務的發(fā)展，醫(yī)院內涵建設得到了加強，突出中醫(yī)特色，加強?？平ㄔO，充分發(fā)揮中醫(yī)、西醫(yī)、中西醫(yī)結合三支力量的作用，做到院有?？?、科有專病、人有專長、病有專藥。以重點科室為主體，先后成立了中風后遺癥、糖尿病、肝炎、風濕病等專病小級和?？茖２￠T診25個，拓寬了服務領域，增強了適應社會和患者需求的能力。醫(yī)院研制的益肝片、活血降脂沖劑、接骨片、功腰丸、愈瘍片、喘貼靈等臨床療效顯著，多次獲得州、區(qū)及國家獎勵。

醫(yī)院研制的益肝片、活血降脂沖劑、接骨片、功腰丸、愈瘍片、喘貼靈等臨床療效顯著，多次獲得州、區(qū)及國家獎勵。